Missing coverage evidence...
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CACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGTC  >  minE/2941720‑2941781 |                                                              cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2974186/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:892058/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:888291/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:784116/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:744542/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:68605/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:664306/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:5438/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:383491/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:3218531/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:3116323/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:3051606/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2993014/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:1692390/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2948044/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2845955/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2786837/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2765705/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2602078/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2549023/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2344938/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:2256667/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:1995379/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:1805881/62‑1 (MQ=255) cACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGtc  <  1:1783586/62‑1 (MQ=255) |                                                              CACCCGCCATCGCAGCGGGAACGTTCAGCCCCAGAGAGGCCAGCACGCTGCCGGTCCAGGTC  >  minE/2941720‑2941781

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑