Missing coverage evidence...
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CTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCA  >  minE/2966191‑2966251 |                                                             cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTgggg                 >  1:2520509/1‑46 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATAtt            >  1:2700164/1‑51 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATc   >  1:2674736/1‑60 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:3204350/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2795114/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2824448/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:3031063/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:3075141/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:3128654/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2508289/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:361662/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:378908/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:506227/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:626152/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:775411/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:897627/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:933486/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:986772/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2497984/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:1357058/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:1441485/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:1602579/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:1628955/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:1650951/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:1936724/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2022926/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2056760/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:224709/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2335197/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2415694/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2419058/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2419613/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:2473725/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCa  >  1:1048833/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTATGTTTGAGTGGGGATATTTATCCGATCa  >  1:2186403/1‑61 (MQ=255) |                                                             CTGGTCACTGGGAAATTGCCGGTGTCCCGGTTCTGTTTGAGTGGGGATATTTCTCCGATCA  >  minE/2966191‑2966251

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑