Missing coverage evidence...
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CAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGCGCG  >  minE/2981312‑2981373 |                                                              cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAgcgc   >  1:808706/1‑61 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAgcgc   >  1:1327268/1‑61 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAgcgc   >  1:3187968/1‑61 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAgcgc   >  1:138477/1‑61 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAgcgc   >  1:681057/1‑61 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2634940/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2302245/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2907435/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2969244/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:3191508/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:32785/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:479458/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:488286/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:737785/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:780401/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:794234/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:904026/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:252713/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1039499/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2225391/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2129016/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2095460/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:2006758/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1694297/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1691205/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1515549/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1379213/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1358507/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1347368/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:1149456/1‑62 (MQ=255) cAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGcgcg  >  1:109630/1‑62 (MQ=255) |                                                              CAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGCGCG  >  minE/2981312‑2981373

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑