Missing coverage evidence...
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AGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCT  >  minE/295555‑295615 |                                                             aGCGATTCCGGCGTGAGCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:778734/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCcgc                          >  1:706841/1‑37 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGGCTGCGCCt  >  1:27780/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGGGCCt  >  1:1741329/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGcc   >  1:1204877/1‑60 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGcc   >  1:1619997/1‑60 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:3252929/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2760279/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2845436/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2967421/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2971973/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:3015183/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:3021829/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:3085722/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:719246/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:3258008/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1167593/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:34623/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:637650/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:644239/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:727033/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1849987/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1023196/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1268669/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1295508/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1474014/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1481975/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1568687/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1719976/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:1828917/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2676452/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2040537/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2040797/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2121887/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2165002/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2250731/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCt  >  1:2356211/1‑61 (MQ=255) aGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTCACTGCGCCt  >  1:252498/1‑61 (MQ=255) |                                                             AGCGATTCCGGCGTGACCAGAAAGCGTAATTGTCCGCGCTTTCCGCGTCCTGACTGCGCCT  >  minE/295555‑295615

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑