Missing coverage evidence...
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GAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGC  >  minE/341057‑341118 |                                                              gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCa               >  1:883840/1‑49 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCAtt       >  1:1148952/1‑57 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTgggg   >  1:2936237/1‑61 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2347934/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:992776/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:975011/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:771353/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:679232/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:564349/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:537521/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:295985/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2861695/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2841310/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2492298/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2402934/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:236345/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2308760/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2204433/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2138664/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:2046876/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:203691/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1973273/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1912948/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1719082/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1709364/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1633290/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1478990/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1441641/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1334257/1‑62 (MQ=255) gAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGc  >  1:1237607/1‑62 (MQ=255) |                                                              GAAGGTAATAACGGTAACAAACCTCTCGGTCTATGGAACGTCGTTTCCATCGGCATTGGGGC  >  minE/341057‑341118

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑