Missing coverage evidence...
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GGCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGT  >  minE/348336‑348397 |                                                              ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAgtgt  <  1:2640982/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2091440/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:960194/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:952710/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:556337/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:3196454/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:294859/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2895762/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2802241/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2752153/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2599788/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2482118/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2464857/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2344185/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2238751/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2095837/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1010787/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:2063782/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1959801/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1919695/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1910865/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1801661/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1690032/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1609443/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1350508/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1219139/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1211413/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1128472/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1126388/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1108888/62‑1 (MQ=255) ggCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGt  <  1:1012435/62‑1 (MQ=255) |                                                              GGCGGGGTAATTAATGCTGACGCAGCTGCACTGTTACAACAGTTTGCTGAACTGACCAGCGT  >  minE/348336‑348397

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑