Missing coverage evidence...
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CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCG  >  minE/401865‑401924 |                                                            cGCTTCCGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2641227/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCGGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1947690/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTTGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:298863/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:515362/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2845233/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:3153342/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:3231187/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:426641/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:464139/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:466838/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:489531/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:4955/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:501494/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:509145/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:108197/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:538837/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:569813/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:664168/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:668283/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:73854/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:77405/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:785272/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:810063/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:956596/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:960259/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2709962/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1080441/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1127087/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1150465/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1248758/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1287467/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1377862/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1460731/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1513729/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1857381/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:1871183/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2175337/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2252119/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2282684/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2383218/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2400296/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2607766/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:263944/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2646973/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2700491/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2705061/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:2776756/60‑1 (MQ=255) cGCTTACGGCCCCGACATGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCg  <  1:981937/60‑1 (MQ=255) |                                                            CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCG  >  minE/401865‑401924

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑