Missing coverage evidence...
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CTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCC  >  minE/428460‑428516 |                                                         cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTTCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1730309/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:482599/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2701707/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2734576/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2800793/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2971083/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:3000290/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:302944/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:3065215/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:3088622/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:313131/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:3276753/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:332602/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2641150/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:50623/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:507245/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:562101/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:606855/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:67545/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:715954/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:799254/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:807086/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:855391/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:985965/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1811083/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1038801/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1288575/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1330409/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1340746/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1360274/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1369502/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1559112/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1687123/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1710428/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1728870/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1004135/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1863793/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:1989948/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2023271/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2081566/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2324683/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2381457/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2383300/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2488246/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2496616/57‑1 (MQ=255) cTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCACCTTACAGTGGCTGACTCTGcc  <  1:2138632/57‑1 (MQ=255) |                                                         CTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCC  >  minE/428460‑428516

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑