Missing coverage evidence...
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AACGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCGGTGGT  >  minE/468653‑468704 |                                                    aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAATCggtggt  <  1:324041/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:33301/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2621169/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2696369/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2801209/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2849922/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2878498/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2897841/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:3266057/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2568539/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:374204/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:605125/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:638112/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:668011/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:748978/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:749168/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:76399/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:91519/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1996832/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1177124/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1406587/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1464090/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1576951/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1622011/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1667017/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1738598/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1994271/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:1041254/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2061992/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2203979/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2217272/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2326143/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2401988/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2507864/52‑1 (MQ=255) aaCGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCggtggt  <  1:2566184/52‑1 (MQ=255) |                                                    AACGCCACGGCATCCGTCTGGGCTTTATGTCCTTCTACGTGAAAGCGGTGGT  >  minE/468653‑468704

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑