Missing coverage evidence...
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CAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTATT  >  minE/495709‑495770 |                                                              cAGGGCTGGCTGCTGTAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2672882/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2532642/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:889841/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:651843/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:617434/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:438860/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:3185265/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:3105924/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2988054/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2889275/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2869781/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2861317/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2731248/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2633125/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2626775/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2603631/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1053101/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2446088/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2433712/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2257636/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2255300/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:2163123/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1929433/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1763005/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1627306/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1580351/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1461544/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1442547/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1415840/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:128917/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1198485/62‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTAtt  <  1:1056859/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGGGCTGGCTGCTGGAAGAAACGCGCACCGGTTTCGCACTGTTCACGACGGGTGTTGTATT  >  minE/495709‑495770

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑