Missing coverage evidence...
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CACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAG  >  minE/532179‑532239 |                                                             cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:3238419/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1032114/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2489388/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2540440/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2558472/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2713834/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2730029/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2757744/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2865795/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2976219/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:3162962/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2476589/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:3248164/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:329860/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:359420/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:390172/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:53227/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:661390/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:689142/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:699815/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:722798/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:766437/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1693140/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1090215/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1098192/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:109874/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1175698/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1210421/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1224453/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1292090/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1327327/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1622366/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1678039/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2405161/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1709988/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1802182/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:1869379/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2215031/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2220993/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2269951/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2311425/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2319910/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2328297/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:2341355/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGGCTGGAAGGTATCCAg  <  1:523610/61‑1 (MQ=255) cACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGAGCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAg  <  1:3213794/61‑1 (MQ=255) |                                                             CACTGTTGGAGTTACGCCCGTCGAGGATCAACTGCAAAGGCGCGGTCTGGAAGGTATCCAG  >  minE/532179‑532239

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑