Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	559482	559511	30	9 [0]	[0] 80	cmr	multidrug efflux system protein

CAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTA  >  minE/559512‑559567 |                                                        cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTa            >  1:2378481/1‑46 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTa            >  1:1223854/1‑46 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGt   >  1:2424350/1‑55 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2736007/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:309561/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3093713/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3080873/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3077608/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:306611/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2869493/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2859408/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2803792/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2799109/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2780550/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3135748/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2653629/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2647404/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2610486/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2594769/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:254141/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2443418/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:673057/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:952623/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:948992/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:897963/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:861309/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:850634/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:782243/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:777909/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:735978/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:701795/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3104504/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:590251/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:462751/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:424562/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:399814/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3296194/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3288705/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:322153/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:3158176/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2435960/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1414359/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1732605/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1680828/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1649899/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1636056/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1610487/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1499843/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1483922/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1472650/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1465729/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1757488/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1378599/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1341245/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1317491/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1164705/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1148701/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:114681/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1138921/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1097805/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1969595/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2366446/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2365173/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2354345/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:230252/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2272247/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2135502/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:212195/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:204245/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1067522/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1966425/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1965749/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1962592/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1957318/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1838800/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1837876/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1837391/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:1799183/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGCGTa  >  1:753031/1‑56 (MQ=255) cagcTATGAATATCGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTa  >  1:2932587/1‑56 (MQ=255) |                                                        CAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTA  >  minE/559512‑559567

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑