Missing coverage evidence...
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GAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCGG  >  minE/564443‑564504 |                                                              gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:3096698/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2340853/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2344368/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2379353/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2572491/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2628531/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2688366/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2689354/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2777694/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2818350/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:299011/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2994451/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:3043753/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2321458/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:3166798/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:3172900/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:3183767/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:355284/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:36532/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:402626/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:41521/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:563755/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:817890/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:938574/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:954982/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:96463/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1853243/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:105790/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1133750/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1204192/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1209565/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1292761/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1405917/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1540698/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1562299/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1610486/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1768371/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1786305/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1830983/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1014987/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1861929/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1909773/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1943252/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1954045/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:1965913/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2013457/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2118357/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2170920/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2285748/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2289633/62‑1 (MQ=255) gagaGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCgg  <  1:2295934/62‑1 (MQ=255) |                                                              GAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATCGCCAGCACCGACCAGAACCGG  >  minE/564443‑564504

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑