Missing coverage evidence...
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TCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGG  >  minE/604714‑604774 |                                                             tCGCGTAATATCCCTGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:501497/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTTATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:137925/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:3013124/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:232502/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2325155/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2374312/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2405960/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2458692/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2494626/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2505619/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2556798/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:2277981/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:452294/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:664572/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:694836/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:947197/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:970204/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:973077/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1039741/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:212645/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:212136/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:20589/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:201058/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1920669/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:185567/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:180587/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1603820/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1505424/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1445518/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1342137/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1283546/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1181160/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1120371/61‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg  <  1:1088125/61‑1 (MQ=255) |                                                             TCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGG  >  minE/604714‑604774

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑