Missing coverage evidence...
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AATGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGT  >  minE/678499‑678558 |                                                            aaTGCATTCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:60836/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCagag                         >  1:2858884/1‑37 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTc            >  1:302333/1‑50 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTgg   >  1:688203/1‑59 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2680818/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:837042/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:805814/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:365526/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2989087/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2873106/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2853720/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2785906/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2681945/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:1142337/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:252856/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2416977/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:222971/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2158617/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2122231/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:2008785/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:1721483/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:1672132/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:1595415/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:1383908/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:1146079/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCACGTGGt  >  1:1619986/1‑60 (MQ=255) aaTGCAATCAATAATCCAACTAGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGt  >  1:3222429/1‑60 (MQ=255) |                                                            AATGCAATCAATAATCCAACTTGTTGTACGACCAGAGGTTCTTTGCTGTCTGCCCGTGGT  >  minE/678499‑678558

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑