Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	769367	769375	9	26 [0]	[0] 50	phoP	DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with PhoQ

CATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACT  >  minE/769376‑769436 |                                                             cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACt         >  1:2345152/1‑54 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATAc   >  1:752019/1‑60 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATAc   >  1:337224/1‑60 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:65841/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2647214/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2683080/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2753473/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2799298/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2802394/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:432910/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:496189/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:550046/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:571473/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:623567/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2554306/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:689971/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:690029/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:722795/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:729933/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:762655/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:794847/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:811718/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:838840/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:870410/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:940782/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1595231/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1016949/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1052307/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1088662/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1177236/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:124402/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1260223/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1273911/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1367624/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1458573/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1486388/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1003956/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1682455/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1719506/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1837812/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1849892/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:1948185/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2095415/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2202947/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2266808/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2271607/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2390669/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACt  >  1:2546790/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCAATTAATACt  >  1:1330645/1‑61 (MQ=255) cATCACCTCTTCAATATGAAACGCTTTAGTCACATAatca                       >  1:747245/1‑40 (MQ=255) |                                                             CATCACCTCTTCAATATGAAACGGTTTAGTCACATAATCATCAGCACCGGCACTTAATACT  >  minE/769376‑769436

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑