Missing coverage evidence...
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ATGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGACCCC  >  minE/842101‑842162 |                                                              aTGCCACGAATGCACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1108896/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGTAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2898494/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2894231/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:226997/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:232235/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2341165/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2427434/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2436204/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:256484/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2574154/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2586091/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2637771/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2772815/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2242261/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:3088594/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:3095080/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:376690/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:539246/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:740285/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:877368/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:977579/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1549240/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1066033/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1151325/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1190971/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1193403/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1278450/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1496581/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:150062/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1547763/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:101765/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1639057/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1749178/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1754440/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:1835097/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2041013/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2048770/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2065571/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:209911/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:2135440/62‑1 (MQ=255) aTGCCACGAATGAACGGCCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGAcccc  <  1:64148/62‑1 (MQ=255) |                                                              ATGCCACGAATGAACGGGCTTAAACTGCTGGAGCATATACGTAACAGAGGCGACCAGACCCC  >  minE/842101‑842162

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑