Missing coverage evidence...
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GCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAC  >  minE/875779‑875840 |                                                              gcAGCGAAGATCTGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTaaa  <  1:1489320/62‑2 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGTAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2890052/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:3283285/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2841469/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2883541/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:296941/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:3042880/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:3045816/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:3124492/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:3138293/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:3199652/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:3256458/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2659623/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:329921/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:368779/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:458732/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:511872/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:548475/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:58053/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:631254/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:673307/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:957940/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1836565/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1201819/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1208713/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1286332/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1407339/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1458319/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1460793/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1611991/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1647497/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1675323/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1780040/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2785189/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1966865/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:206153/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2094976/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2356269/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2398342/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2479024/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:2659553/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc  <  1:1111990/62‑1 (MQ=255) gcAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGCGCATGTGGCGTAAc  <  1:2460115/62‑1 (MQ=255) |                                                              GCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAC  >  minE/875779‑875840

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑