Missing coverage evidence...
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ATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAG  >  minE/959493‑959554 |                                                              atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2316812/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:868463/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:769001/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:70457/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:3215042/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2989874/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2896707/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2821010/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2780510/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2774227/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2624314/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2488591/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1041108/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2274980/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:2119345/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1856501/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1841702/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1802901/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1586577/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1585720/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1531628/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:142174/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1343175/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1133511/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAg  <  1:1090625/62‑1 (MQ=255) atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGATTTGTTAg  <  1:2366823/62‑1 (MQ=255) |                                                              ATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAG  >  minE/959493‑959554

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑