Missing coverage evidence...
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CAGACAAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCGCCGCC  >  minE/1000654‑1000715 |                                                              cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:3202104/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2752361/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2827958/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2860479/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2913074/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:305835/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:3070733/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:3101438/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:3199556/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2710967/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:338260/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:394016/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:456112/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:521929/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:551240/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:576111/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:64028/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:895325/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1788497/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1331745/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1336067/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1343050/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1407732/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1429144/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1524718/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1599984/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1285473/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1940724/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2171401/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2321812/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2322768/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2428242/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2444281/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:2578858/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCgccgcc  <  1:265055/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGAAGCCAGCACCgccgcc  <  1:1481139/62‑1 (MQ=255) cagacaAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGAAGCCAGCACCgccgcc  <  1:829372/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGACAAGTCGATCCCTTTAACGGCTTGAGAAAGCGCACTAAAGGCAGCCAGCACCGCCGCC  >  minE/1000654‑1000715

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑