Missing coverage evidence...
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CACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTCGCCG  >  minE/1031280‑1031339 |                                                            cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3224224/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2772173/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2778203/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2849952/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2850687/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2852010/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2988965/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2992696/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:300484/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3098388/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3117810/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3174101/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3177918/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2742449/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3229974/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3247952/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:3282622/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:330904/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:357493/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:652836/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:675627/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:868360/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:901005/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:92026/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:936307/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:964771/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:163854/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1034672/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1131968/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1132957/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:114543/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1173084/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:120623/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1246175/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1286586/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1293867/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1544392/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1548880/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1550209/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1001264/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:166766/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1879200/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:1902615/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2003609/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2135280/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2224434/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2281325/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2300662/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2331086/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2478691/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2519625/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:2621034/60‑1 (MQ=255) cACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCACCATGGTACCGTGTAAAATGACTcgccg  <  1:383275/60‑1 (MQ=255) |                                                            CACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGTACCGTGTAAAATGACTCGCCG  >  minE/1031280‑1031339

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑