Missing coverage evidence...
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CCGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAT  >  minE/1053190‑1053251 |                                                              ccGAGATCTAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCTGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1474961/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGCCCAGCGGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:558424/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCCGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1301411/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGTACATATTCCAGTCCAt  <  1:2323289/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:593460/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2438732/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2450202/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2518675/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2564499/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2731688/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2736461/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:362054/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:416642/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:493807/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2329439/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:624443/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:653256/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:811991/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:910646/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:950185/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:963132/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:972958/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:995093/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1741388/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1134812/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1141613/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1165858/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1189264/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1263272/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1325335/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1499966/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1656577/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1723187/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1723929/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1124153/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1766211/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:1851111/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:196486/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:202764/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2076189/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2183053/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:2203140/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATCCCAGTCCAt  <  1:2961257/62‑1 (MQ=255) ccGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGATGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAt  <  1:426429/62‑1 (MQ=255) |                                                              CCGAGATCCAGATGCTCTTCAATAAAACTGACCAGCTGGCGGGCGGACATATTCCAGTCCAT  >  minE/1053190‑1053251

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑