Missing coverage evidence...
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AGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCG  >  minE/1055294‑1055336 |                                           aGGGTTAATTGATTCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGc   >  1:668758/1‑42 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTg         >  1:2558362/1‑36 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGc   >  1:3103692/1‑42 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:3295224/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:108786/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2479663/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:248755/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2513152/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2596752/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2678751/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2757074/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2844129/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2947223/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:3103043/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:3121785/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:3217030/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2439229/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:337572/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:391050/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:43863/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:454720/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:52462/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:532136/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:721595/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:789569/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:847032/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:866075/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:90640/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:906810/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:957293/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1797871/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1172679/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:12249/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1265765/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:127922/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1335173/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1379414/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:146269/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1475338/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:149095/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1597603/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1609397/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1653660/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1718757/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2406130/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1810802/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1853681/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1858299/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1859/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1883721/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1934470/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:1987391/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2013272/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2027380/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2041882/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2047757/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:21122/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:222893/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:2397094/1‑43 (MQ=255) aGGGTTAATTGATGCGGTGGAATTTGGTCGTGACTGGATTGCg  >  1:560110/1‑43 (MQ=255) |                                           AGGGTTAATTGATGCGGTGGCATTTGGTCGTGACTGGATTGCG  >  minE/1055294‑1055336

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑