Missing coverage evidence...
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ATTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTGGGG  >  minE/1069578‑1069639 |                                                              aTTTGTGAAAAATTTCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1611727/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGa                    >  1:2849526/1‑44 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2528702/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:819616/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:748699/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:601505/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:575799/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:3276923/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:3247694/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:318318/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:3155168/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:3115043/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2798204/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2642943/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2641305/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2606710/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1008937/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2436381/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2392215/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:221125/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:2016632/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1999774/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1968034/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1658677/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1447677/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1443896/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1406909/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1340511/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1291468/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTgggg  >  1:1144525/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATAGGCTGCGGCTgggg  >  1:664810/1‑62 (MQ=255) aTTTGTGAAAAATTGCAGTAAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGGTATAGCCTGCGGCTgggg  >  1:2422006/1‑62 (MQ=255) |                                                              ATTTGTGAAAAATTGCAGTTAAAACCAGGGATGCGCGTACTGGATATTGGCTGCGGCTGGGG  >  minE/1069578‑1069639

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑