Missing coverage evidence...
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TTTCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCA  >  minE/1088412‑1088473 |                                                              tttCACATCATCTGCCTAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1452896/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATGCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:803686/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:384241/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2462829/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2502966/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2632623/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2661686/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2754538/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2944711/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:3053585/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:3109801/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:3280676/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:3295337/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2453874/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:630028/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:696316/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:719514/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:783155/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:847499/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:892702/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:89522/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:955250/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1856306/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1357627/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1369220/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1499983/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1516076/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1530306/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1623568/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1749900/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1779322/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1804751/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1272431/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:196298/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:215054/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2181101/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2364118/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2368032/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2387397/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2415735/62‑1 (MQ=255) tttCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:2416787/62‑1 (MQ=255) tttCACATAATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCa  <  1:1894866/62‑1 (MQ=255) |                                                              TTTCACATCATCTGCATAGATTTCCAGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCA  >  minE/1088412‑1088473

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑