Missing coverage evidence...
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TCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTT  >  minE/1100548‑1100608 |                                                             tCAGCGCTGTATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1324905/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACTGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1416457/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGGTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2425836/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:425858/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2177177/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2207016/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:225583/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2396132/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2407910/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2443487/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:268200/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:310837/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:368942/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:214580/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:489245/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:574655/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:678817/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:736059/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:738995/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:770160/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:85109/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1828160/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1123581/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1125728/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1137903/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1346138/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1465201/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1537619/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:178622/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1029716/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1899913/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1939800/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1942209/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1954600/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:1979666/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2124843/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGtt  <  1:2146350/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGACTCTGGtt  <  1:1001236/61‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCC‑AAAGCCTCTGGtt  <  1:1819494/60‑1 (MQ=255) |                                                             TCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTT  >  minE/1100548‑1100608

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑