Missing coverage evidence...
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CCGACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAC  >  minE/1125427‑1125488 |                                                              ccgACATTCACTTTTGTCCCACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2243747/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCa   >  1:1180508/1‑61 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:413678/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2638182/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2767768/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2867391/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:3190076/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:3274203/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:352682/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:367239/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:396906/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2503235/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:444428/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:593939/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:661831/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:677576/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:854014/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:925871/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:949997/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:981366/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1843813/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1092022/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1279338/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1407034/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1502182/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1557504/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1649089/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1650253/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1674471/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2593124/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1880794/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2024066/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2047993/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2090613/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2262042/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:2368965/1‑62 (MQ=255) ccgACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAc  >  1:1049276/1‑62 (MQ=255) |                                                              CCGACATTCACTTTTGTCACACGCAGTTTGTCAGCGTTCGGATGCTGCGCACACTCAACCAC  >  minE/1125427‑1125488

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑