Missing coverage evidence...
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CGGCGGCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCA  >  minE/1128141‑1128202 |                                                              cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2399755/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:883096/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:784877/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:651174/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:520103/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:446871/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:41533/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:397527/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:3088128/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:308508/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:3061582/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2912550/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2848664/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:256432/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2441255/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2424010/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1018402/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2155459/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2101324/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2089593/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2058254/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1908113/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1838247/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1739381/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1534035/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1267445/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1222260/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1189165/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1102203/62‑1 (MQ=255) cggcggCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:1026607/62‑1 (MQ=255) cggcgcCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCa  <  1:2134048/62‑1 (MQ=255) |                                                              CGGCGGCTCGGCGTTAGGGCTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCA  >  minE/1128141‑1128202

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑