Missing coverage evidence...
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TATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAT  >  minE/1139511‑1139572 |                                                              tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCGTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1631124/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:2453953/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:596027/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:495202/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:459076/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:427152/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:384683/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:359014/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:313577/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:3054555/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:2988287/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:2772832/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:2564282/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:2518012/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1047007/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:2222215/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:2165050/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:216481/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1937816/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1496349/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:143800/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1399791/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1213289/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1205004/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1119877/62‑1 (MQ=255) tATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAt  <  1:1052083/62‑1 (MQ=255) |                                                              TATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAAT  >  minE/1139511‑1139572

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑