Missing coverage evidence...
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CCAGCGCCAGCGAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAGG  >  minE/1154531‑1154592 |                                                              ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2986638/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2171499/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2280923/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2314212/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2418498/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2418525/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2430496/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2434971/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2598709/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2619496/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2849010/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:2067530/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:3008442/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:344941/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:390807/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:572905/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:621383/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:64094/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:675899/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:853495/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:997445/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:151130/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:115207/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1225428/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1240356/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1286398/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1306123/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1313100/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1329723/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1461441/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1139656/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1622240/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1624218/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1695706/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1728610/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1745291/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1796344/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1845165/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1925753/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgg  <  1:1958785/62‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAgc  <  1:1333951/62‑2 (MQ=255) |                                                              CCAGCGCCAGCGAACGCCGTTGATTTCTCGCTCGGTGATAACCGGTTTTTTACCCGTTAAGG  >  minE/1154531‑1154592

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑