Missing coverage evidence...
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CAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAC  >  minE/1177016‑1177067 |                                                    cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:511212/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:2790600/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:2815632/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:2896640/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:290220/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:3004480/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:3130780/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:3141232/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:483117/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:2682309/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:538184/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:583375/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:595927/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:715891/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:893550/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:9016/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:931319/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1553371/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:110862/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1133633/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1240883/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1259561/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1332264/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1341407/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1477053/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1545384/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1726249/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1763694/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1767939/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1796241/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1934380/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:2270506/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:2558029/52‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGGCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAc  <  1:1103355/52‑1 (MQ=255) |                                                    CAGTTTCGCCAATAAAATTTGGCTGTCTCCGCAAGGCGTGGTTGATCTGCAC  >  minE/1177016‑1177067

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑