Missing coverage evidence...
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GCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGG  >  minE/1198561‑1198622 |                                                              gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGGTGTTCATggg  <  1:13919/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2720124/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2383141/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2417021/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2494209/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2545875/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:255066/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2604894/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2627158/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2658535/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2123007/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:3292524/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:434307/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:569475/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:59961/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:683097/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:79856/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:924422/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1709565/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1040484/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1193682/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:126023/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1270414/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1332468/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:13681/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1433419/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1660063/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2381102/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1722145/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1755285/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1864916/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2002144/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:2061790/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1040144/62‑1 (MQ=255) gctCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCAGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATggg  <  1:1897820/62‑1 (MQ=255) |                                                              GCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGG  >  minE/1198561‑1198622

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑