Missing coverage evidence...
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GCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGT  >  minE/1214286‑1214347 |                                                              gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGAcc                      >  1:886780/1‑42 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCCCGCCAGCCAGt  >  1:2867000/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGccagccag   >  1:1983378/1‑61 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGccagccag   >  1:3171899/1‑61 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:46160/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:3059601/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:311975/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:3142619/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:316771/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:3290075/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:368721/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:999393/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:628524/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:761185/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:833523/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:926495/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:1261336/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:3018094/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2538706/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2397655/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2391642/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2359454/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2308264/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:215297/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2139884/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2030371/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:1657049/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:1617974/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:1602387/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:1551539/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCAAGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGt  >  1:2786823/1‑62 (MQ=255) gcgcAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATAGCCACGGACCTTCATGCCACgccag       >  1:2203581/1‑57 (MQ=255) |                                                              GCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGT  >  minE/1214286‑1214347

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑