Missing coverage evidence...
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CCCAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGAAA  >  minE/1303464‑1303519 |                                                        cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTTCCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1981026/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:344443/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2651274/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:268950/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2780960/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2812864/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2924287/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:3006413/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:3049715/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:309367/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:3260959/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:328670/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2622437/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:396004/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:445373/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:479604/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:532896/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:604055/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:756968/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:775111/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:827781/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:90414/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:942727/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1754463/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1080780/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1180955/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1280655/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1369711/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1380275/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1435964/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1438971/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1541739/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1542051/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1585090/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1624657/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2469160/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1965369/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1992051/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2103964/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2154895/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2270465/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2309411/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2405939/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:2441860/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCCaaa  <  1:2972346/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTATTAATAACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:319920/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGCCGTAGTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1511887/56‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGAGACGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGaaa  <  1:1044036/56‑1 (MQ=255) |                                                        CCCAGCCAGGAGCCGTATTAATTACCGGTATTACCCCGCAGGAAGCACGGGCGAAA  >  minE/1303464‑1303519

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑