Missing coverage evidence...
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GTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAT  >  minE/1324299‑1324359 |                                                             gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:619269/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:2413799/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:2416837/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:2723110/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:296981/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:3261650/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:3266181/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:457895/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:567718/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:2405443/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:633456/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:673912/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:689732/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:747638/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:863192/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:863735/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:878138/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1003433/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:2385452/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:2286962/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:2127918/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:206170/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1652089/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1554424/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1535130/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1493698/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1436911/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:141313/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:132263/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1239844/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1198475/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1187362/61‑1 (MQ=255) gTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAt  <  1:1060118/61‑1 (MQ=255) |                                                             GTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAAT  >  minE/1324299‑1324359

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑