Missing coverage evidence...
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TGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTTG  >  minE/1399464‑1399524 |                                                             tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGGGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:3138369/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGTCCGCttg  <  1:1278879/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:401218/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2362030/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:27085/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2804360/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2807735/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2854782/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2945975/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:3061335/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:3268115/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:373754/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2278254/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:569316/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:637584/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:687374/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:716419/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:734240/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:746694/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:907604/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:972474/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1572095/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1013069/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1016722/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1040645/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1245650/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1269415/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1295517/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1387932/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1471761/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1558956/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1001065/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:175896/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1786955/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:180999/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:182927/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1928301/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:1934400/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2141106/61‑1 (MQ=255) tGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCttg  <  1:2257685/61‑1 (MQ=255) |                                                             TGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTTG  >  minE/1399464‑1399524

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑