Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1448056	1448102	47	75 [0]	[0] 62	atoS	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC

GCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTG  >  minE/1448103‑1448164 |                                                              gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTcgccg                        >  1:3114257/1‑40 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCa                     >  1:1326932/1‑43 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCa                     >  1:543295/1‑43 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCt                >  1:188605/1‑48 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3018665/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3242780/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3233555/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3227320/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3191319/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3103898/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:456678/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2951112/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2916917/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2858183/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2843563/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2736161/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2735852/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2681261/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3259328/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:250676/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:520588/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:523544/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:573879/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:724598/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:728972/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:732142/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:770066/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:798002/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:8561/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:88468/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:924975/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:979878/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2069242/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:10223/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1030897/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1109639/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1139546/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1226251/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1384755/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1446399/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1553418/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1557609/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1641951/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1723406/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1813230/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:197328/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:1978825/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:100202/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2090553/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2111102/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:213158/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2169038/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:219247/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2224792/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2380747/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:238173/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:239541/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2401647/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:241984/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2468909/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:2482163/1‑62 (MQ=255) gCTATATCTGGGCCAATGAATTAAACGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGAtgtg  >  1:3040592/1‑62 (MQ=255) |                                                              GCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTG  >  minE/1448103‑1448164

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑