Missing coverage evidence...
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AACAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGC  >  minE/1478755‑1478817  |                                                              aaCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATg   <  1:1912281/62‑1 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTc                       >  1:78710/1‑41 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTg                   >  1:2981924/1‑45 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCa                >  1:599009/1‑48 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAgcg       >  1:208588/1‑57 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAg         >  1:2510841/1‑55 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:3213871/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:2807761/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:3049631/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:3063522/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:308796/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:3167948/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:939542/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:3272588/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:331036/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:472599/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:526176/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:908896/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1013956/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:2604958/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:2384289/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:2198744/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:214698/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:2109000/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1836917/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1800006/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1541921/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1495170/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1385687/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1330619/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1289376/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCa     >  1:1131951/1‑59 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGc  >  1:914728/1‑62 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTAGGTGACAGTTACAgcgc      >  1:1722700/1‑58 (MQ=255)  aCAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTCCCGCattt                          >  1:240345/1‑38 (MQ=37)  |                                                              AACAGCCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGC  >  minE/1478755‑1478817

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑