Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1552083	1552099	17	56 [0]	[0] 43	torI	response regulator inhibitor for tor operon

AAATAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTAA  >  minE/1552100‑1552160 |                                                             aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTTAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:249967/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2933001/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2622886/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2626078/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2645977/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:268828/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2695732/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2714554/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2714641/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2737791/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2815093/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:878340/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:3128274/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:3211403/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:3242731/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:3249031/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:457143/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:640848/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:651161/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:720/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:82125/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1025490/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1912681/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:113842/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1238785/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1388615/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1479087/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1483217/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1657964/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1766108/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1830648/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1877964/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1900764/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2589304/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:1982295/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2004921/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2005652/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2084738/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2103090/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2106542/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2107712/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2167106/61‑1 (MQ=255) aaaTAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTaa  <  1:2310/61‑1 (MQ=255) |                                                             AAATAAGCTCTTAAGCCGCGCCAATGGGTAAAATAGCGGGTAAAATATTTCTCACATCTAA  >  minE/1552100‑1552160

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑