Missing coverage evidence...
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GCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTC  >  minE/1593212‑1593273 |                                                              gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGt   >  1:1283682/1‑61 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGt   >  1:1188646/1‑61 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGt   >  1:1624264/1‑61 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGt   >  1:399292/1‑61 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGt   >  1:194123/1‑61 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGt   >  1:192424/1‑61 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2488040/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:922689/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2519502/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2623868/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2812030/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2934576/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2986217/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:3270305/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:349750/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:490428/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:682556/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:839202/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2439609/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2409641/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2235805/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2080997/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:2065445/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:1869787/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:1840055/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:179191/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:175288/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:1729773/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:149979/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:1342063/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:1309824/1‑62 (MQ=255) gcgcGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACAACACGATCAGCTACTTCGGTc  >  1:1835540/1‑62 (MQ=255) |                                                              GCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTC  >  minE/1593212‑1593273

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑