Missing coverage evidence...
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GCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCGG  >  minE/1593921‑1593980 |                                                            gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTaa                >  1:1125086/1‑46 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:350316/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2732317/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2806109/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2826088/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2912333/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2951487/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:3040645/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:324374/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:3277226/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:348031/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2654557/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:369593/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:464981/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:672325/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:70278/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:822448/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:907245/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:987233/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2035821/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1044664/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1121823/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1306862/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1324613/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1355102/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1481071/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1619962/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1678504/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:1027269/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2159107/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:216934/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2227998/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:227536/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2280900/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:255094/1‑60 (MQ=255) gCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCgg  >  1:2649289/1‑60 (MQ=255) |                                                            GCAACATACTTTTTAAAAACAGGGTGATAATCGCCATCAGCGTTAACAGCGCCGCAGCGG  >  minE/1593921‑1593980

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑