Missing coverage evidence...
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GTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCAA  >  minE/1645747‑1645808 |                                                              gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:307992/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2816545/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2833172/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2834477/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2851610/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2866736/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2886603/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2904945/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2913614/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:3014496/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:3062168/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2806921/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:3085963/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:3114778/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:3133729/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:3212241/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:3249776/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:400865/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:520384/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:714034/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:933793/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:997151/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1650000/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1059311/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1139284/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1242225/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1305624/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1321741/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1364603/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1367187/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1559124/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1632547/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1040381/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1722719/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1785604/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1827417/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:1897751/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:195960/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2266555/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2335576/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2406672/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2448815/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCaa  <  1:2638909/62‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGACCCGGCaa  <  1:1264552/62‑1 (MQ=255) |                                                              GTCATTGAAGCGCTGCGTCAGGCTAATGGCTTCCGCAGTAGCGTTAGCGCCGGTCCCGGCAA  >  minE/1645747‑1645808

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑