Missing coverage evidence...
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GCGCATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCGGGG  >  minE/1768837‑1768897 |                                                             gcgcATGAAATATCTGGTTGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1974032/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:594459/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:2706505/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:2789091/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:2929764/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:3109439/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:407343/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:485486/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:568488/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:592578/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:2632664/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:722518/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:759736/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:775673/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:784512/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:828996/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:871460/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:900695/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:976798/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1589391/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1118073/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1241217/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1278289/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1355879/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1385841/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:139440/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1473296/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:158873/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:2676193/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1615980/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1678587/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:189656/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1984280/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:2097622/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:216522/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:2339529/61‑1 (MQ=255) gcgcATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCgggg  <  1:1097051/61‑1 (MQ=255) |                                                             GCGCATGAAATATCTGGTGGCAGCCGCCACACTAAGCCTGTTTTTGGCGGGTTGCTCGGGG  >  minE/1768837‑1768897

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑