Missing coverage evidence...
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GGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGATT  >  minE/1803937‑1803998 |                                                              ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt                          >  1:940875/1‑38 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt                          >  1:659969/1‑38 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTcg                      >  1:2589054/1‑42 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:477997/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2783034/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2848679/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2969146/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2985671/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:3187020/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:321984/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:421323/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:433290/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2746712/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1202166/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:689987/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:831790/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:83253/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:85302/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:89362/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1166277/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1442276/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2586638/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:255281/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2434315/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2390026/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2366044/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2268829/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:2257938/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:217433/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:212646/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1855219/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1618350/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1614659/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1520396/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAtt  >  1:1468864/1‑62 (MQ=255) ggATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGAt   >  1:1153398/1‑61 (MQ=255) |                                                              GGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTCGCGCCAGCCGCCACGAAGATT  >  minE/1803937‑1803998

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑