Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1828436	1828593	158	76 [0]	[0] 90	mutS	methyl‑directed mismatch repair protein

ACCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATGC  >  minE/1828594‑1828630 |                                     aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:303661/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3280950/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3275353/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3249713/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3165749/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3140794/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3090818/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3078558/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3071762/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3066971/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3037025/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3289121/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3010477/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2974035/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2960843/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2941472/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2923226/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2898543/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2876740/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2870448/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2853006/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1002074/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:611891/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:985335/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:966093/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:945661/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:945508/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:933399/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:913027/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:806987/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:715338/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:662726/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:635846/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2762946/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:560879/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:5478/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:536121/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:52534/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:518830/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:510414/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:482602/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:408926/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3294959/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:3289412/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1237117/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1717713/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1668008/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:158943/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1445451/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1356009/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1317828/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1310298/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1309972/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1255901/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1253878/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2732517/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1218060/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:117639/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1098711/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1098201/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1098036/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1093719/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1088295/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1081826/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1055701/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1736133/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2739775/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2677743/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:256193/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2543767/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2538803/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2499110/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2469049/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2435763/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2382030/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2371146/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:232227/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2200241/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2020103/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1965685/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1949042/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1902996/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1895440/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1819791/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:1734356/1‑37 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATg   >  1:1206292/1‑36 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATg   >  1:409426/1‑36 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATg   >  1:1610950/1‑36 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATg   >  1:1042709/1‑36 (MQ=255) aCCGGTCCGAACATGGG‑GGTAAAAGTACCTATATgc  >  1:2936922/1‑36 (MQ=38) |                                     ACCGGTCCGAACATGGGCGGTAAAAGTACCTATATGC  >  minE/1828594‑1828630

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑