Missing coverage evidence...
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CGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAC  >  minE/1870503‑1870563 |                                                             cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCa   >  1:1488723/1‑60 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCa   >  1:1492145/1‑60 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:536391/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2853450/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2917906/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2921150/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2958023/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2965023/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:3029639/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:3126237/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:324223/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:3294697/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:426468/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:442276/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2797193/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:581539/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:597199/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:651613/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:745225/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:849818/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:893058/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:945481/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:976368/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2060943/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:126454/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1512143/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1517266/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1575101/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1667595/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1875807/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1913475/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2057280/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2814501/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2144867/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2149679/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2235368/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2337125/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2414995/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2649901/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2675684/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:2761608/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1190588/1‑61 (MQ=255) cgcgGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACAATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAc  >  1:1907799/1‑61 (MQ=255) |                                                             CGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCAC  >  minE/1870503‑1870563

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑