| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,904,129 | 0 | G | . | 68.0% | 36.3 / 87.3 | 50 | coding (1793/2889 nt) | ptr | protease III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/16); new base . (34/0); total (34/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTA > minE/1904098‑1904174 | aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:1096379/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:881189/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:641464/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:427793/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:3196469/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:3068342/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:2639289/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:2462175/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:1963427/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:1855560/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:1439873/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:177822/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:1499081/62‑1 (MQ=255)aCCATTAGCATTAACCATAAGGCCCTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:630287/62‑1 (MQ=255) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAATTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:3189181/1‑62 (MQ=255) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCtt > 1:2073898/1‑61 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:141356/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:338372/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:337922/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:3228531/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2770930/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:792259/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:3098763/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:1447122/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:3043366/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2888822/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2883831/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:863165/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2812270/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:1009173/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:208244/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:1914648/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:1931388/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:165852/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:1967952/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:1998546/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2000093/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2709742/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2122319/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2191815/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2211173/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:231417/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2374105/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:1628535/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2512595/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2520736/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:2665074/1‑62 (MQ=39) aCCATAAGGCCGTTGTTA‑‑GTTGGTGGAAAAACTTATGCCACAAACCGACGCCTGGTTGCTTa > 1:555183/1‑62 (MQ=38) ccGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:1302505/40‑1 (MQ=255) ccGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCg < 1:818352/40‑1 (MQ=255) | ACCATTAGCATTAACCATAAGGCCGTTGTTAGCGTTGGTGGAAAAACTTATGCCACCAACCGACGCCTGGTTGCTTA > minE/1904098‑1904174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |