| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 786,407 | 0 | G | A | 59.8% | 144.7 / 274.6 | 214 | D175D (GAC→GAT) | nhaB | sodium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/45); new base A (128/0); total (169/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-22 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGC > minE/786366‑786460 | ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTca > 1:1660793/1‑47 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTATGGGAAGAGGc > 1:1575529/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAgg > 1:3014150/1‑61 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:464307/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:3194412/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:320748/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2648080/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2629711/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2575008/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:3285893/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:329805/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2223650/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:495929/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:539124/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:571651/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:589959/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2291763/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2239105/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:637801/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2879510/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:3070423/1‑62 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(MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1810953/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1857823/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1861323/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:189653/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1912246/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1045464/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2003444/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2043841/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2063053/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2125680/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:90857/1‑62 (MQ=255) 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tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2519131/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1973565/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2480150/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2396949/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1240753/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1302959/1‑62 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:681634/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:92279/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:137477/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1267239/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:868346/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:872910/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1067492/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1417826/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1722853/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2143567/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2326015/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2376514/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2481787/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:419379/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:39468/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2554323/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:3277687/61‑1 (MQ=255) gTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:559105/60‑1 (MQ=255) | TTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGC > minE/786366‑786460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |