| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 786,413 | 0 | G | A | 59.4% | 137.8 / 275.9 | 212 | T173T (ACC→ACT) | nhaB | sodium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/46); new base A (126/0); total (166/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-23 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGC > minE/786366‑786460 | ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTATGGGAAGAGGc > 1:1575529/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAgg > 1:78897/1‑61 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:464307/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2629711/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2575008/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:3194412/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:320748/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:327832/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:350984/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:3178321/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:495929/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2291763/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2239105/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2223650/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2195571/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:539124/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2132157/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2648080/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2063053/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:3150314/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2710616/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:3012584/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2784387/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2822699/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2825964/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2837512/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2849686/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2863673/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2879606/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2995686/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2896174/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:298057/1‑62 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(MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:698109/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1495808/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:161960/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2043841/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:2003444/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1912246/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1782555/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1906796/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1886039/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:637801/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:1784377/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:663757/1‑62 (MQ=255)ttGTAATGCTGGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTATCTTCAGTACGGGAAGAGGc > 1:802348/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAaga > 1:581432/1‑47 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGAt > 1:1672321/1‑61 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:709515/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:3294151/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:604483/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:3100410/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:674705/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1022526/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:905209/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:645842/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:288607/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1697975/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1973565/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1486882/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1302959/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1240753/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2480150/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2519131/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:1001047/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2658597/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2678183/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2704047/1‑62 (MQ=255) tCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATa > 1:2714610/1‑62 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1067492/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1192553/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1267239/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:137477/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1417826/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2924001/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:92279/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1722853/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:185235/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:1860060/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2149432/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2326015/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2376514/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:419379/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:403453/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2415997/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2481787/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:2554323/61‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:305866/61‑1 (MQ=255) gTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:559105/60‑1 (MQ=255) cTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGc < 1:652184/52‑1 (MQ=255) | TTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGGAAGAGGCTACGCGGTGATAAATACCATAAAAACCGACTGC > minE/786366‑786460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |