Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	1,130,359	A→G	intergenic (‑98/‑426)	thrS ← / → arpB	threonyl‑tRNA synthetase/ECK1718:JW5278:b1720; hypothetical protein, N‑ter fragment

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,130,359	0	A	G	93.8%	159.9 / 0.6	48	intergenic (‑98/‑426)	thrS/arpB	threonyl‑tRNA synthetase/ECK1718:JW5278:b1720; hypothetical protein, N‑ter fragment
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/3);  new base G (45/0);  total (45/3)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCA  >  minE/1130312‑1130376                                                |                  aaaaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTc     <  1:900946/62‑1 (MQ=255) aaaaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTc     <  1:1894639/62‑1 (MQ=255) aaaaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTc     <  1:3117557/62‑1 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGc   >  1:2794492/1‑61 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGc   >  1:728889/1‑61 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:520317/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2977621/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:3019482/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:3030787/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:308928/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:309101/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:3105454/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:3205573/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:448199/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:467148/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:516556/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2877181/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:582531/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:598730/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:599696/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:600450/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:701596/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:791879/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:892616/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:961651/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2301135/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:109622/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1293250/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1450126/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1458944/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1681458/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1821073/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1936687/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1945377/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:198900/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:218590/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2231518/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2881602/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2320760/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2362046/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2407129/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2461220/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2469988/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2502322/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2589221/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2643687/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:2858154/1‑62 (MQ=255)    aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAGTGCTAAATTGGTTCGCa  >  1:1039415/1‑62 (MQ=255)                                                |                  AAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCA  >  minE/1130312‑1130376

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑